Les intolérances au lactose et au gluten, qui touchent une grande partie de la population française, sont des exemples de déficits enzymatiques : déficit en lactase et en enzymes protéolytiques (protéases).
Le lactose est normalement scindé dans l'estomac en glucose et en galactose par la lactase, une enzyme digestive. Lorsque ce n'est pas le cas, le lactose engendre une fermentation dans l'instestin, qui se traduit par différents effets indésirables (ballonnements, perturbations du transit, etc.).
Les jeunes enfants sécrètent normalement de la lactase, car le lactose est l'un des composés majeurs du lait maternel. Cependant 30 à 50% des adultes en France ont une digestion incomplète du lactose (source : AMELI - L'intolérance au lactose). Cela s'explique par le fait qu'en tant que mammifère, l'homme adulte n'est pas génétiquement programmé pour consommer des produits laitiers. Avec la domestication du bétail, seules certaines populations, dans le Nord de l'Europe notamment, ont développé un profil génétique leur permettant de digérer le lactose à l'âge adulte.